Apesar de ser uma ferramenta útil para comparar populações de pacientes, avaliar a gravidade da doença e auxiliar na gestão de recursos, o SAPS 3 apresenta limitações, como a necessidade de calibração para diferentes populações e a possibilidade de super ou subestimação da mortalidade em determinados contextos devido a variações na qualidade dos cuidados de saúde entre diferentes instituições.